Vườn thú được thành lập vào năm 1838 bởi Gerard Westerman, JWH Werlemann và J.J. Wijsmuller (còn được gọi là ba W). Ban đầu chỉ mở cửa cho các thành viên. Bắt đầu từ năm 1851 nó đã được mở cửa cho công chúng trong tháng 9[8]. Năm 1920 nó đã được mở cửa quanh năm cho công chúng, nhưng vẫn giảm giá vào tháng chín.

Phần trung tâm của khu đất vườn thú hiện nay, lúc có tên là "Middenhof", đã được hội đồng quản trị của hội động vật học "Natura Artis Magistra" mua lại vào cuối năm 1838 trong Plantage, lúc đó là khu vực nông thôn ở ngoại ô Amsterdam. Từ khi bắt đầu nó trưng bày cả hai mẫu vất sống và mẫu vật dựng[9].Vườn thú thường được gọi tắt là Artis, vì sở thú có ba cửa với những từ 'Natura', 'Artis', và 'Magistra' được viết trên mỗi cổng. Thường xuyên chỉ có cổng giữa được mở cho mọi người vào ra, do đó người ta thấy 'Artis' được viết trên nó, tin rằng các vườn thú được chỉ cần gọi là Artis. Nhờ đó, sớm ít người biết nó bằng tên đầy đủ của nó: Natura Artis Magistra.

Cá thể ngựa quagga cuối cùng trong điều kiện nuôi nhốt đã chết tại Artis vào ngày 12 tháng 8 năm 1883. Tại thời điểm đó, do tất cả ngựa vằn được gọi là quagga, không ai nhận ra rằng đây là cá thể quagga cuối cùng còn sống cho đến năm sau